由於設有電腦版本，LINE的保安問題經常為人垢病。LINE最近推出Letter Sealing功能，協助加密對話內容，更支援Android、iOS、Windows和Mac OS X等多個平台，涵蓋智能手機及個人電腦，等用戶更放心。
Letter Sealing採用了端到端加密技術 (E2EE) ，把聊天內容化成亂碼，而且鑰匙只會儲存在用戶設備上而非中央伺服器中，令訊息難以破解。新功能初步會應用在單對單的聊天和位置訊息，其後將會擴展到其他不同的功能及裝置上。只要對話雙方均開啟了Letter Sealing功能，就可以獲得全面的訊息加密保護。用戶只要於LINE 5.3.0或以上版本內，按其他 ＞ 設定 ＞ 聊天・語音通話 ＞ Letter Sealing，便可啟動訊息保護功能。